水晶染色主要有以下幾種方法：
浸泡法。將水晶浸泡在含有錳元素的化學液體中，通過化學反應使水晶發生染色。
熱處理法。首先將水晶加熱到一定溫度，然後再將含有錳元素的氣體通入水晶，使水晶表面發生染色。
輻射法。使用輻射源使水晶產生顏色變化。
化學反應法。將硝酸銅或其他銅鹽加入熱水中，然後加入氨水引發化學反應，最後加入食品染色劑，形成的晶體在空氣中乾燥後即可。
這些方法中，前兩種較為常見，後兩種則屬於特殊方法。染色後的水晶在陽光暴曬下可能會褪色，而天然水晶則不會褪色。染色水晶通常具有炸裂紋，顏色主要集中在裂隙中，這與天然水晶的顏色分布有明顯的不同。