水晶淨化，也稱為消磁，是為了去除水晶中積累的負面能量，確保其能量平衡。根據不同的淨化方法，淨化時間也有所不同：
陽光消磁清洗法：將晶石放置於陽光直接照射的位置，如窗台或露台，照射時間約為30分鐘至1小時。
月光星晨照射法：在農曆十五月圓之夜，或月圓前後幾天，將晶石放置於露台或窗邊，接受月光照射一晚。
海鹽浸洗法：將晶石放入海鹽水中浸泡三至四個小時。
海鹽埋藏法：將晶石埋藏於海鹽中數小時。
雪堆埋藏法：將晶石埋藏於霜雪中數小時。
御守鹽消磁：將水晶放入裝有御守鹽的碗中，用溫水溶解後浸泡3~4小時。
光線照射法：將水晶一半在陽光下照射，另一半在月光下靜置幾天。
淨水淨化法：將水晶放入純淨水中浸泡10~20分鐘。
晶簇消磁法：放置在晶簇晶洞中，約一晚即可。
親近自然法：將水晶放在小溪中，補充能量。
埋入土中：將水晶埋入乾淨泥土中約3-10天。
冰櫃冷藏法：將水晶用保鮮膜包好，放入冰櫃冷藏室內3-4小時。
一般建議的淨化頻率是每個月一次，但如果用於治病，則建議每周淨化一次。當水晶摸起來有粘膩感時，也需要儘快進行淨化。