水果酵素的使用方法通常包括以下幾個步驟：
準備水果。選擇硬質水果，如蘋果、西柚、火龍果等，並洗淨擦乾。檸檬去皮切片，橙子也切成同樣厚度的片。
準備容器。確保容器無油無水，可以使用玻璃或密封罐。在容器底部鋪一層糖，然後依次鋪上水果片，每層水果片上再撒一層糖。
發酵過程。蓋上容器，放在陰涼處或冰櫃里發酵。每天用手攪動1到2次，以培養酵菌並釋放氣體。發酵期間，觀察是否有氣泡產生，這是發酵正在進行的標誌。
分離酵素。發酵約兩周後，如果看到大量氣泡產生並緩慢浮上來，說明酵素已經成功。此時，可以使用乾淨的紗布將酵素液體與水果分離開。
飲用酵素。酵素液體可以直接飲用，也可以與礦泉水或蘇打水按1:5的比例稀釋後飲用。一次飲用量約為30到50毫升。
需要注意的是，酵素髮酵期間，容器頂部應留有空間，以避免發酵溢出。發酵適宜溫度為20°C到35°C。發酵完成後，可以繼續讓酵素在容器中發酵至第2到3個月，以達到最佳效果。