製作水波蛋的方法有多種，以下是幾種常見的方法：
漩渦法。在鍋中加入足夠的水，燒開後加入鹽和白醋。然後用手勺在開水中順時針快速攪動，形成一個漩渦。將雞蛋貼近水面倒入鍋中，讓其自然下沉。立即關火，蓋上鍋蓋，讓蛋在水裡燜兩分鐘。
鹽和白醋法。在鍋中燒開水，然後加入鹽和白醋。待水開，用手勺順一個方向轉旋窩。在水面上倒入雞蛋，直到沉底，然後關掉火，蓋上鍋蓋悶兩分鐘。
什麼都不乾法。在鍋中加入足夠的水，燒開後立馬把鍋子移開，放置到氣泡近乎消失。再開小火，保持這個微微冒泡的狀態。將雞蛋打到碗裡，碗邊靠近水面，慢慢地把蛋放下去。煮3分鐘，就可以撈出鍋了。
以上方法可以根據個人口味和喜好進行調整，以達到最佳效果。