水煙鬥的使用方法如下：
選擇合適的菸斗，鬥部大小要適中，並準備一箇平臺以防止菸葉溢出。
使用重力填塞菸斗，裝填前可以弄碎菸葉以便於操作。菸葉應填裝至菸斗頂部，但不要按壓，以免損壞菸葉結構。
使用右手四指適量裝填菸斗，同時用空餘的手指捏住一大撮菸葉，其底部應有一箇直徑較大的平板，以便於放置。
將菸葉輕輕放置在菸斗頂部，用拇指堵住菸葉，使其逐漸滾向中心，形成緊實的塞子，防止菸葉在顛倒菸斗時掉落。
將水瓶盛水，水位淹過過濾銅管一指即可，不要過高。將過濾銅管套在菸斗上部，插入水瓶並擰緊。
在菸斗上套上碟子和煙槽，注意接口位置有膠圈，保持密封。放入適量菸絲，使其成爲蓬鬆狀態。用錫紙包裹整個煙槽，並在上面扎些小孔，放置燒好的木炭，然後插入抽菸管，同樣注意接口位置的密封。
開始吸水煙，可以聽到“咕嚕嚕”的水聲，伴隨口中輕輕飄出的煙霧。水煙斗的菸嘴通常只有一箇，多人共吸時應特別注意衛生，使用一次性菸嘴可防止傳染疾病。抽水煙需要經驗，一鍋煙絲至少要用半個多小時。當菸絲快抽完時，喉嚨處可能會感到辛辣，此時應添菸絲。如果覺得煙味不夠濃或香氣不夠重，可能是炭火溫度不夠。