水箭龜的打法取決於其特性、攜帶的道具以及所處的遊戲階段。以下是幾種常見的打法：
雨天噴水型。水箭龜在雨天時擁有額外的能力，因此使用雨盤特性。隊伍中可以讓有降雨特性的精靈首發，或者讓水箭龜學習求雨。性格選擇保守（內斂），努力值分配給特攻和雙防，道具選擇剩飯。配招包括噴水、守住、水炮/衝浪/熱水，也可以選用覺醒地或急凍光線擴大打擊面。
半攻半受型。水箭龜具有較高的雙防種族值，因此可以採用半攻半受的打法。推薦固執性格，努力值分配給攻擊和雙防，配招包括火箭頭錘、水流尾、守住、劇毒。特性選擇雨盤，這套配招主要依靠火箭頭錘的輸出和守住技能來持續作戰。
純受型。這種打法主要利用水箭龜的高耐久和高回覆。性格選擇淘氣或慎重，努力值分配給雙防，剩餘的分配給HP。特性選擇雨盤，配招包括劇毒、火箭頭錘、守住、求雨或睡覺。
MEGA打法。Mega進化後的水箭龜主要作爲特攻手使用，具有高特攻種族值和超級炮臺特性，適合使用特攻技能。
此外，水箭龜還可以使用旋風激流炮、衝浪等技能進行攻擊和支援。根據對手的特性、技能和戰鬥階段，靈活調整打法是非常重要的。