清洗水箱的方法有多種，以下是幾種常用的方法：
人工清理法。首先需要拆卸水箱，然後使用人工方法，如錘子、刮刀或鏟子去除水垢，這種方法雖然簡單，但效率低，勞動強度大，難以徹底清除水垢，且可能導致水箱二次損害。
使用普通水垢清洗劑。同樣需要拆卸水箱，這種方法的清除效果不徹底，可能會有異味和腐蝕性，對水箱造成損害，縮短其使用壽命。
使用專業汽車水箱除垢劑。這種方法不需要拆卸水箱，可以在不停車條件下進行清洗，將專用的水垢清洗劑倒入汽車水循環系統中，讓車輛怠速循環或行駛20至30分鐘後，排放掉清洗劑，並用清水反覆沖洗，直至乾淨。
使用防凍液和清潔劑清洗。在清洗前，先將汽車停在平地上，讓發動機自然冷卻，然後排放冷卻液。將清潔劑加入水中，用水管沖洗水箱內壁，用刷子浸泡在清潔液中刷洗水箱內部，尤其是底部和角落的污垢。清洗完畢後，用清水沖洗一遍。最後加入新的防凍液，啓動發動機讓其自行循環。
自制清洗劑法。適用於可拆卸的塑料水箱。將水箱拆下後，從下方注入特製的清潔劑，填滿整個水箱。使用鐵片疏通每個孔洞，注水將雜質流出，反覆幾次直至水變清澈。最後清洗水箱外立面。
這些方法各有優劣，在選擇時需要考慮水箱的類型、可拆卸性以及清洗劑的安全性。在清洗過程中，要注意安全，避免高溫和化學品對皮膚造成的傷害。