處理水黴的方法因應用場景不同而有所不同。以下是根據應用場景區分的處理方法：
魚缸中的水黴。可以先將魚缸中的魚兒移至別處，然後提高魚缸水溫至30度以殺死水黴，還可以在魚缸中加入一些海鹽以降低對魚兒的負面影響並起到殺菌消毒的作用；加快換水頻率，每隔一天更換三分之一的晾曬過的自來水。對於患病的魚兒，可以採用高錳酸鉀水浸泡、土黴素治療等方法。
人類的水黴病。注意個人衛生，勤洗澡、勤換衣，避免搔抓患處以防加重病情；合理飲食，多喫新鮮水果和蔬菜補充維生素；藥物治療，如鹽酸特比萘芬乳膏、克黴唑乳膏等，嚴重時可在醫生指導下口服藥物如伊曲康唑膠囊、氟康唑膠囊；物理治療如紫外線照射，有助於促進炎症消退。