沉澱蛋白質的方法主要包括以下幾種：
鹽析法。這是最常用的方法，通過向蛋白質溶液中加入大量的中性鹽（如硫酸銨、硫酸鈉或氯化鈉）來破壞蛋白質的水化膜和中和電荷，從而使蛋白質顆粒相互聚集並沉澱。這種方法得到的沉澱通常保持穩定，不發生變性。
有機溶劑沉澱法。使用與水親和性強的有機溶劑（如乙醇、丙酮）可以破壞蛋白質表面的水化層，促使蛋白質分子變得不穩定而沉澱。在低溫下進行可以減緩蛋白質的變性，但常溫下可能會導致蛋白質變性。
重金屬鹽沉澱法。重金屬離子（如Ag+、Hg2+、Cu2+、Pb2+等）可以與蛋白質形成不溶性蛋白質鹽沉澱。沉澱的條件通常是使溶液的pH稍大於蛋白質的等電點，以利於蛋白質帶上正電荷並與重金屬離子結合。
生物鹼試劑沉澱法。某些生物鹼試劑和酸可以與蛋白質結合形成不溶性的鹽沉澱。調節溶液的pH至小於蛋白質的等電點，使蛋白質帶正電，然後與酸根或生物鹼試劑的負離子結合。
這些方法各有特點，適用於不同的蛋白質和實驗條件。在選擇沉澱方法時，需要考慮蛋白質的性質、所需的純度以及實驗的可操作性等因素。