沙漠化的危害主要包括土地退化、生物群落退化、氣候變化、水文狀況惡化、環境污染、生活設施和建設工程的破壞。具體表現如下：
土地退化。主要包括植被覆蓋率降低、土壤肥力降低、土壤次生鹽漬化、酸化、土壤污染等。這些變化導致土地生產力下降，可利用的土地資源減少，進而影響農牧業生產，甚至導致河流、水庫、水渠堵塞，損害鐵路路基、橋梁、涵洞，迫使公路交通中斷。
生物群落退化。荒漠化引起植被退化，進而導致土地退化，影響動植物的生存和發展，形成惡性循環。
氣候變化。植被退化導致地面反射率、二氧化碳吸收率變化，全球氣溫回升，降雨量減少，蒸發量加大，沙塵暴次數增加。
水文狀況惡化。如洪峰流量增大、地下水位下降或提高、水質變化等，形成惡性循環。
環境污染。土地沙漠化過程中產生的沙塵物質在風力作用下對環境造成嚴重污染。
生態平衡破壞。原有的植被、動物和微生物群落消失，生物多樣性減少，植物和動物種群減少或滅絕。
此外，沙漠化的危害還表現在加劇貧困程度、擴大地區差距、影響全球糧食安全等方面。