油菜菌核病的防治方法主要包括農業防治和化學防治。具體如下：
農業防治。通過清潔田園，減少菌源數量；適當調整播種時期，最佳化種植密度，提高耕作水平，實行水旱輪作和寬行栽培，及時清溝理墒、中耕培土、排濕防漬，清除老葉、病葉和帶蟲葉，合理施肥，增強植株抗病能力。
化學防治。在油菜開花期進行藥劑防治，推薦使用40%菌核淨可濕性粉劑、70%甲基硫菌靈可濕性粉劑、50%多菌靈可濕性粉劑、25%咪鮮胺乳油等藥劑，視病情施藥1至3次，每隔7至10天施藥一次，注意輪換使用不同藥劑，以提高防治效果並延緩病菌抗藥性的產生。
此外，還有選用抗病品種，一般在中晚熟品種中抗病性較強。以上措施可以有效地控制和減輕油菜菌核病的發生和危害。