法院法官最怕的事情包括辦案時出現程式違法、被紀委或人民檢察院調查、以及辦案時受到不正當的影響，如「打招呼」等。法官對辦案質量終身負責，因此任何違反法定職責或法定程式、有礙司法公正的要求都可能令其感到擔憂。如果法官的判決被認定為不公，當事人可以向檢察院投訴，或者在判決涉嫌審判法官個人的違法犯罪時，向當地的紀委或人民檢察院舉報。
此外，法官也擔心辦案時遇到同案同判的情況，因為這可能導致他們的工作受到質疑。然而，實際上，如果法官發現相同的案例，特別是同一地區的上級法院的案例，甚至是最高院的指導案例，他們可能會感到高興，因為這相當於可以「抄作業」，不必擔心被改判的問題。
儘管有些內容暗示知道了法官的「軟肋」可以幫助贏得官司，但實際上，法官的判斷是基於事實和法律的，證據不足的情況下，即使法官有所顧慮，也無法改變判決結果。因此，對於有糾紛的當事人來說，首要工作是理清事實，完善證據，保持溝通，以維護自己的權益。