波多黎各的港口主要包括以下兩個：
聖胡安港（San Juan）。這是波多黎各最大的港口，也是加勒比地區最繁忙的港口之一，在美國排名第10位。它位於波多黎各東北部的聖胡安灣內，擁有多個順岸泊位，主要用於貨櫃運輸和遊輪停靠，其貨櫃貨運量在全球排名第16位。
蓬塞港（Ponce）。位於波多黎各島南岸，是該國的第二大商港，蓬塞港受到外圍礁石的保護，能夠避免盛行東風的影響，這個港口配備了修船、加燃料、乾船塢等服務設施，但沒有排污服務。
此外，波多黎各還有其他幾個較小的港口，如馬亞圭斯港（Mayaguez）等。