分辨泥鰍的公母可以通過以下幾個特徵：
胸鰭形態。雄泥鰍的胸鰭一般較大，前端尖形並向上翹，第二根和第三根鰭條比後面的鰭條要長，前面四根鰭條比後面的要粗一些；雌泥鰍的胸鰭則較短，前端橢圓形，鰭條平展在同一平面上。
體形和腹部特徵。雄泥鰍體形較小，略帶圓錐形狀，腹部不肥大，較平扁；雌泥鰍體形較大，略帶圓筒狀，腹部膨大且色澤變爲略帶透明的粉紅色或黃色。
生殖孔和產卵期特徵。雄泥鰍的生殖孔外突微紅而膨大，用手擠壓腹部有白色精液流出；雌泥鰍的生殖孔呈紫紅色、圓形並呈外翻狀，產卵期間所捕獲的雌泥鰍，腹鰭上部往往有白色斑塊狀傷痕。
背鰭和腹鰭特徵。雄泥鰍背鰭末端兩側有肉質隆起；雌魚沒有肉質隆起。
通過這些特徵，可以較爲準確地分辨出泥鰍的公母。