洛克人exe故事主要圍繞在公元20XX年，世界被巨大的網路世界所覆蓋的未來。主人公洛克人是一個網路守護者，他負責保護人們免受網路犯罪的侵害。他的主人為科學家聯合體工作，通過源源不斷的智慧努力工作。在他的主人使用特殊金屬製成的一種強化義體「天晶（Sky Crystal）」作為增強組件之前，洛克人是一位機械程式中唯一帶有自我意識的複製人，以靈魂合金製作的裝備抵禦其他武器的傷害，尤其在與無工怪人機能的戰鬥中發揮了重要作用。
然而，洛克人的世界被一個名為「暗物質組織」的邪惡組織所破壞。這個組織的目標是利用網路世界中隱藏的暗物質力量，實現他們的野心。他們利用各種網路犯罪活動，試圖控制整個網路世界。為了保護網路世界和人類的安全，洛克人必須與邪惡組織進行鬥爭。
在這個過程中，洛克人遇到了幾個新的夥伴，包括智慧型機器人樂樂、擁有強大力量的小型機器人瓦爾、以及擁有神秘力量的女性機器人洛克人exe等人。他們一起合作，對抗暗物質組織的邪惡力量。
故事中，洛克人exe與邪惡組織的首領「暗物質魔王」展開了一場激烈的戰鬥。在戰鬥中，洛克人exe使用了自己特殊的力量，打敗了暗物質魔王，恢復了網路世界的和平。最終，洛克人exe與其他夥伴一起成為了網路世界的守護者，繼續保護人們免受網路犯罪的侵害。
這個故事包含了正義與邪惡的鬥爭、友情、團隊合作、勇氣和犧牲等元素，旨在傳達出正義終將戰勝邪惡、友情和團隊合作的重要性等價值觀。