海水倒灌的現象主要由以下原因引起：
地勢低平和潮汐影響。在地勢低平的地區，特別是在季風氣候區，河流入海口處遇到潮汐和巨浪時，河水水位與海水水位差異小，容易導致海水倒灌。
人類活動影響。包括過度開採地下水、在河流中游和上游過度使用水資源（如農業和生產用水）導致下游水量減少和水位下降、過度采沙導致河床下降。這些活動破壞了水體的自然平衡，使得陸地水體水位低於海平面，從而發生海水倒灌。
地質結構和岩層密度。沿岸地質結構、岩石類型、岩層密度和裂隙大小等因素也會影響海水倒灌的發生。
全球變暖。導致海平面上升，進一步加劇了海水倒灌的現象。
此外，海水倒灌還會導致沿海地區土壤鹽鹼化和地下淡水鹹化等問題。