選擇海膽時，可以考慮以下幾個方面：
種類和季節。不同的海膽種類適合在不同的季節食用，例如紫海膽通常在5月至6月份最肥美，適合製作刺身，而黃海膽則在4月至11月份最肥美。
外觀檢查。鮮活的海膽刺會動，動的幅度越大，說明鮮活度越好。海膽的外殼應完整、沒有破損或開裂，表面應光滑，沒有明顯的凹坑或斑點。
觀察膽針和嘴巴。優質的海膽膽針通常較粗而短，摸起來硬，新鮮的海膽嘴部豐滿並且略有突起感，反之不新鮮的海膽嘴部下陷並且顏色發暗。
聞味道。新鮮的海膽沒有異味，不新鮮的海膽聞起來腥味很重。
看顏色。通常顏色鮮豔、深綠或深褐色的海膽較新鮮，應避免選擇顏色黯淡或色彩斑斕的海膽，後者可能有毒。
重量和大小。海膽的重量和大小可以反映其肥瘦程度，一般來說，較重和較大的海膽肉質更豐滿。
需要注意的是，可食用的部分是海膽的生殖腺（黃色的海膽籽），而黑色的部分是腸胃等消化系統，不可食用。在處理海膽時，應避免使用長流水沖洗，以免造成營養流失，最好使用礦泉水輕輕沖洗。