海草床退化的原因主要包括以下幾個方面：
陸地和海上污染。工業和生活污水的排放、海上船舶污染物的排放以及過度投餌等，導致海水富營養化，增加懸浮物，降低海草床的光射入，削弱海草的光合作用，阻礙海草生長。
過度捕撈。破壞性挖捕海產品，如沙蟲、螺耙貝、電魚蝦等，直接導致海草數量減少，破壞海草場結構。
海岸工程建設和圍填海活動。這些活動破壞了海草的棲息地，減少未來可供海草生長的空間。
全球氣候變化。如海水溫度異常波動、海水透明度降低等，影響海草的光合作用和呼吸代謝，進而影響其生長發育。
颱風和風暴。增加近岸風浪，導致海草被沖刷，水環境鹽度下降，破壞海草生態系統。
這些因素單獨或共同作用，導致了全球海草床的退化，進而影響海洋生態平衡和氣候變化。