海藻球的形成主要是由於自然界中湖底水流的作用。
在自然環境中，湖中的水流會使得藻絲（細長的藻類個體）相互纏繞、翻滾，隨着時間的推移，這些藻絲逐漸聚集形成球形。這些球形聚集體就是我們所稱的海藻球。海藻球的直徑可以達到20至30釐米，其生長速度通常很慢，大約每年增長5毫米。在適宜的條件下，藻絲會不斷伸長和分叉，隨着海藻球的不斷增大，其內部的藻絲可能會因爲接觸不到足夠的陽光而逐漸死亡，導致球體內部出現空洞。當空洞過大時，海藻球的結構可能無法維持，最終可能會崩解成較小的塊狀物。不過，這些崩解的塊狀物中的藻絲仍然可以繼續生長，並在水流的滾動作用下重新形成新的球形聚集體。
此外，人們也會通過採集未形成球形的藻絲，用人工的方法加工成球形的海藻球，這種方法培育的海藻球在形狀上通常更加規整。