硝化菌崩潰的原因可能包括以下幾點：
硝化系統本身的問題。如硝化菌數量不足，污泥齡短，導致硝化菌無法有效積累；系統負荷過高，使硝化菌競爭不過其他微生物；系統停留時間短，導致硝化菌來不及積累。
外部環境的問題。如pH值、溶解氧(DO)、鹼度和溫度等不適宜硝化菌生長。
有機物毒性抑制。某些有機物或無機物可能對硝化菌產生毒性抑製作用，如某些有機物未充分代謝或某些無機離子如氯離子、硫離子等。
生物降解性較差的有機物。這些有機物可能因為生物降解性差而對硝化系統造成抑制。
不可生物降解的毒性物質。如某些重金屬或難以生物降解的化合物，可能對硝化系統造成致命性影響。
含鹽量過高。高鹽環境可能對硝化菌產生抑製作用，尤其是對於某些特定的微生物。
不當的操作管理。如過量換水、頻繁清洗濾材、不當使用藥物或殺菌燈、過量餵食等，都可能導致硝化系統崩潰。
解決這些問題通常需要調整系統運行條件，比如調整污泥齡、控制負荷、最佳化環境條件、使用耐鹽硝化菌、避免使用有毒物質等。