淮安市擁有多個湖泊，主要包括：
洪澤湖：位於淮安市西北部，是江蘇省著名的湖泊，位列中國五大淡水湖之一。洪澤湖主要由成子湖灣、溧河湖灣、淮河湖灣三大湖灣組成，最大深度在5.5米，蓄水量達23.6億立方米。
高郵湖：位於江蘇省中部，跨高郵市、寶應縣、金湖縣和安徽省的天長縣。高郵湖是江蘇省第三大淡水湖，以盛產湖產品聞名，尤其是高郵湖鹹鴨蛋。
白馬湖：位於淮安市境內，是淮河下游段左岸水系湖泊，形態酷似一匹桀驁的白馬。白馬湖面積113.4平方千米，其中淮安市境內92.1平方公里。
寶應湖：屬於淺水、封閉型湖泊，南連高郵湖，西接金湖縣，北會白馬湖，總面積約140平方公里，分屬寶應、金湖兩縣管轄。
射陽湖：位於江蘇省揚州市寶應縣東郊，處於揚州、淮安、鹽城、泰州四市交界處，是中國淡水湖之一，以豐富的水生動植物資源著稱。
以上湖泊各具特色，不僅在漁業、旅遊等方面發揮著重要作用，也是淮安市乃至江蘇省重要的自然資源和生態環境組成部分。