深圳公交卡的退卡可以在以下幾個地點進行：
深圳通客服中心：位於深南中路電子大廈一樓，即賽格廣場旁興華賓館對面。
深圳通桃源村客服分部：位於南山區龍珠七路桃源村19路公交總站。
深圳通公司總部：位於福田區紅樹林路捷運車輛運營綜合樓B棟102。
深圳農村商業銀行各網點：提供好卡退卡服務。
深圳捷運站點：如三號線老街站內B出口旁、一號線會展中心站內D出口旁、一號線寶安中心站內E/F出口旁等。
深圳通自營網點：具體地址包括老街站、會展中心站以及寶安中心站等三個捷運站區域網路點。
退卡時，如果卡表面完好，可按規定全額退還押金及卡內餘額；如果卡表面損壞，則按規定扣取押金，只退還卡內餘額。購卡費用不退，只能退還卡內餘額。如果在質保期內，卡表面完好但卡芯讀不到的壞卡，可以換新卡。如卡表面完好按規定扣取0.5元/月的租金，扣除相應租金退還剩餘的押金及卡內餘額；卡表面損壞則扣取押金，只能退還卡內餘額。
對於學生卡的退卡，持校園卡和深圳通學生卡可以到深圳發展銀行各網點辦理。深圳通學生卡的儲值額最高上限為500元，乘坐深圳公共汽車和軌道交通普通車廂可享受全票價5折優惠。超過18周歲且未高中畢業的學生，可前往深圳通自營客服網點辦理退卡業務。