深圳市擁有多箇火車站，其中主要的包括：
深圳北站。位於龍華區民治街道，是深圳最大的高鐵站，服務於廣深港高速鐵路和廈深客運專線。
深圳站。也稱爲羅湖火車站，位於羅湖區，是深圳主要的客運火車站之一，主要通過廣深鐵路服務。
深圳東站。位於龍崗區，原名爲布吉火車站，是一箇主要的客運站，服務於廣深線和部分京九線、京廣線方向的中長途列車。
深圳西站。位於南山區，主要服務普通長途火車。
福田站。位於福田區，是廣深港高鐵上的一箇重要車站。
坪山站。位於坪山區，是廈深高鐵深圳段的途經站。
光明城站。位於光明區，是廣深港高鐵的另一箇重要車站。
平湖站。位於龍崗區平湖街道，是一箇廣深線上的車站。
此外，還有沙井西站、福海西站、深圳機場北站、深圳機場站、坂田站和紅山站等。