深圳通的充值可以通過多種方式進行，具體包括：
人工充值。可以在深圳通的六個客服網點、中國郵政支局、捷運沿線站點客服中心以及貼有「深圳通」充值標識的連鎖便利店進行充值。便利店包括但不限於7-11、天虹微喔、百里匯、百里臣、美宜佳便利店等。
自助終端機充值。可以使用銀聯標誌的借記卡在銀行營業網點的銀聯「易辦事」自助終端機上進行充值，也可以在捷運站點的「深圳通自助售卡充值」終端機使用第三方支付方式充值。
智慧型手機充值。使用具有NFC功能的安卓手機或iPhone 8及以上機型的手機，通過「深圳通」APP進行充值。
網上充值。可以通過深圳通「鵬淘」APP或微信公眾號進行NFC貼卡充值，也可以通過嘟嘟寶網上充值。
此外，深圳通卡的購買可以選擇深圳通自營客服網點、深圳通自助售卡充值終端、深圳市郵政支局以及捷運站內貼有「深圳通」標識的便利店等地，無需實名制登記。