深圳通卡的充值方式有線上充值和線下充值兩種方式。
線上充值的具體步驟如下：
下載並安裝深圳通APP，選擇底部選單欄「服務」-「深圳通充值」-「選擇充值金額並支付」。
開啟手機NFC功能，將深圳通卡片緊貼手機NFC感應區（一般在手機背面中部）進行充值。
線下充值的具體步驟如下：
前往深圳通客服網點、捷運客服網點或設有自助充值設備的便利店進行充值。
在捷運自助充值機、部分捷運站內自助售卡充值設備、捷運沿線站點銀行自助充值終端設備機，以及銀聯「易辦事」自助充值終端機等進行自助充值。
其他方式如下：
在手機錢包套用中綁定深圳通卡，直接輸入充值金額並進行支付。
使用支付寶的城市服務功能，選擇深圳通充值，綁定或添加卡片後輸入卡號，確認後進行充值。
使用QQ錢包，在QQ錢包-交通出行-城市一卡通中進行深圳通充值。
首次充值最低限額為50元，每次充值額為50元整數倍，儲值額最高不得超過1000元。如有透支情況，充值時將首先償付透支款。