淳於意犯下的罪行主要包括：
醫患糾紛：淳於意因醫療事故被患者告上法庭。公元167年，淳於意的一個病人不幸去世，病人的丈夫是一位有權有勢的大商人。他利用自己的財力將淳於意告到官府，指控淳於意害死了自己的夫人。這一事件被認為是中國歷史上記錄的第一起醫患糾紛。官府最終判定淳於意有罪，並判處他「肉刑」。
違反戶籍管理制度：在查案過程中，還發現淳於意曾私自遷徙戶籍，這一行為違反了漢代的戶籍管理制度，最終導致他被判處「肉刑」。
肉刑的執行：根據《漢書.刑法志》的記載，漢初的肉刑是一種殘酷的刑罰，包括臉上刺字、割去鼻子、砍去左腳或右腳等。淳於意因此被執行了肉刑。
綜上所述，淳於意的罪行和刑罰體現了古代法律對醫療事故和戶籍管理制度的嚴格規定，以及肉刑的殘酷性。