清朝皇帝的祖先主要來自女真族，這是滿族的前身。女真族在歷史上分為不同的部落和分支，包括建州女真、海西女真和野人女真等。清朝的奠基人努爾哈赤就出自建州女真。努爾哈赤的祖先可以追溯到猛哥帖木兒，他是清朝肇祖原皇帝孟特穆，被明宣宗封為右都督。努爾哈赤統一了女真各部，建立了後金政權，後來他的兒子皇太極改國號為「清」。
清朝皇帝的祖先還可以追溯到金國的開國皇帝完顏阿骨打，儘管努爾哈赤與完顏阿骨打之間沒有直接的血緣關係，但他們屬於同一個族群，可以視為遠房親戚。
綜上所述，清朝皇帝的祖先主要來自建州女真，經過努爾哈赤的統一和擴張，最終建立了清朝。