清明祭祖時使用的三牲，根據不同地區和傳統，會有所差異。一般來說，大三牲指的是牛、羊、豬，這是古代天子祭祀的規制，也見於《禮記》、《孝經》等古籍記載。而小三牲在不同的地方有不同的組成，常見的有雞、鴨、兔，也有地方是雞、鴨、魚。
除了這些常見的三牲之外，道家還有玉署三牲，包括麞、鹿、麂。在實際套用中，三牲可以是完整的動物，也可以是動物的頭，如大三牲可以是羊頭、豬頭和牛頭，而小三牲則可能是雞頭、鴨頭和兔頭。在某些地區，如茂名，傳統的祭祖用的三牲是雞、魚、豬，而且三牲可以分為半生熟與全熟，半生熟的用於祭祀神明，全熟的三牲則用於祭拜祖先。
總的來說，清明祭祖時使用三牲這一傳統習俗在不同地區有所不同，但都體現了對祖先的敬意和紀念。