港澳通行證的補辦流程主要包括以下步驟：
預約辦理。可通過市級出入境管理部門官網填寫預約表格，選擇一個月內的任意日期和轄區詳細辦理地址。
準備材料。需要攜帶的材料包括戶口簿、二代居民身份證、近期正面免冠照片、相關證件的複印件等。對於特定身份的人員（如登記備案的國家工作人員），還需獲得單位的批準。
提交申請。按照預約時間，前往出入境管理局提交填寫好的申請表和相關證件。
繳費。根據要求支付相應的費用。
領取證件。完成以上步驟後，將獲得一個辦證回執。可在回執上所示的領證日期或之後，憑本人身份證和回執領取補辦的港澳通行證。一般情況下，戶籍地辦理需15個工作日，非戶籍地辦理需30個工作日。
此外，如果通行證是在港澳地區丟失，還需向當地警方報失，並憑報失通知書記申請一次性有效出入境通行證。