《潛龍諜影3》是一款非常受歡迎的潛行遊戲，以下是一些遊戲攻略：
標題畫面操作。在標題畫面時，快速輸入上上下下左右左右方塊三角，可以聽到「SNAKE EATER」的女聲效果音，並改變字幕運行軌跡；按L1、L2鍵可以放大鏡頭或切換前景與背景畫面的顏色；按R1鍵可以加速人物動作，R2鍵可以放慢動作。
主角操作。遊戲開始時，選擇「I like MGS2」，SNAKE會帶著2代主角雷電的面具出場；SNAKE懸掛時，按R2+L2可以做引體向上；在人物選單中按R1鍵可以欣賞人物模型，讓SNAKE旋轉多次後退出選單，SNAKE會嘔吐，耐力槽減少。
敵人操作。痲醉或打暈敵兵後，可以踢醒他們；可以向敵兵扔毒蛇、蜘蛛或蠍子，讓他們中毒身亡；如果射擊噴火兵的背包，會使他們身上著火，接著爆炸。
任務操作。第一關「TrainyardA」，目標是逃過一層半小樓、水塔、瞭望塔等障礙；第二關「SAM base」，目標是炸毀三輛SAM飛彈發射車；第三關「Military Airbase」，目標是救出被困的人員。
此外，還有許多其他技巧和秘密等待玩家探索，例如在遊戲中找到並操作不同的裝置來關閉警報系統，或者在戰鬥中使用不同的武器和戰術。遊戲中的一些特殊服裝也有其獨特的用途和效果，比如科學家服可以讓敵人敬禮，軍官裝可以讓敵人投降。遊戲中還包含了許多幽默和彩蛋，比如某些角色的特殊反應和場景。