在《火影忍者》中，有多位角色在故事結束時去世：
自來也：作為木葉村的三忍之一，自來也在偵查曉組織時被佩恩六道殺死。
猿飛日斬：三代火影，在保護木葉村免受大蛇丸毀滅的行動中使用了屍鬼封盡而犧牲。
阿斯瑪：木葉上忍，第十班的老師，在與「曉」的戰鬥中死於飛段之手。
彌彥：曉的首任首領，為救小南甘願自殺，死後被製作成「天道」。
長門：使用輪迴天生之術復活死去的忍者，最終力竭而亡。
小南：為了保護長門和彌彥的遺體，與面具男戰鬥時被殺死。
宇智波帶土（阿飛）：為了救第七班與輝夜對抗，最後死於共殺灰骨。
宇智波鼬：在與弟弟宇智波佐助的戰鬥中，因身體患病，最終體力不支死亡。
大蛇丸：成功洗白後繼續在木葉村進行科研。
乾柿鬼鮫：敗於阿凱後，用通靈之術召喚出鯊魚自殺身亡。
蠍：在與千代婆婆、小櫻的戰鬥中放水，死於千代傀儡父母之手。
角都：被卡卡西殺死後，屍體被帶回木葉醫療班做研究。
迪達拉：不敵智波佐助的對決，最終為了完成」完美的爆炸藝術「而自爆身亡。
飛段：擁有不死之身，但由於身體被鹿丸用計謀徹底炸碎，只剩下頭部，如今被活埋在鹿林里。
以上角色在《火影忍者》的最終篇章中去世。