南非有三個首都的原因要追溯到其殖民歷史和隨後的國家形成過程：
行政首都：茨瓦內（Pretoria），最初作爲布爾人建立的德蘭士瓦共和國的首都，後來成爲南非聯邦的行政中心。
立法首都：開普敦（Cape Town），自1652年起成爲荷蘭人的殖民據點，後成爲英國在南非的主要基地，最終成爲南非聯邦的立法首都。
司法首都：布隆方丹（Bloemfontein），最初是奧蘭治自由邦的首都，後成爲南非聯邦的司法中心。
1910年，南非聯邦正式成立，這四個地區（開普、納塔爾、德蘭士瓦和奧蘭治）的領袖在談判中達成妥協，每個地區的首都分別成爲南非聯邦的行政、立法和司法中心。這一安排保留了每個地區的歷史遺產和政治地位，同時也體現了中央政府對多元文化和地區差異的尊重。
隨着時間的推移，儘管南非經歷了多次政治變革，包括種族隔離制度的結束和民主制度的建立，但這三個首都的安排一直被保留下來。