「馬桶」這一名稱的由來有幾種不同的說法：
與英國皇家馬廄有關。在那個時代，馬廄里有一種類似於現代馬桶的設施，用於收集馬的糞便和尿液，這個設施被稱為「馬桶」，因為它看起來像一個小桶，可以容納一定量的馬糞和尿液。後來，這個詞被引申為指代人類使用的衛生設施。
源於法國的「chaise percée」，一種帶有排泄管的椅子，後來被翻譯為「pierced chair」，但更常用的稱呼是「commode chair」或「close stool」。
源於中國。在中國古代，有一種叫做「茅廁」的衛生設施，它是一種用茅草搭建的小屋子，裡面有一個坑，可以收集排泄物。這個設施在中國被稱為「馬桶」，因為它看起來像一個小桶，可以容納排泄物。
源於古代戰爭時期，戰士在木桶內裝設簡易的坐便裝置，由於戰馬在古代戰爭中的重要性，這種可攜式的桶就被稱為「馬桶」。
在漢代被稱為「虎子」，因避諱改名。
此外，「馬桶」一詞可能來自於英語單詞「toilet」（意為廁所），因為在中國接觸到西方文化後，人們常常將外來語直接音譯成中文，所以「馬桶」可能就是從「toilet bowl」（馬桶盆）這個詞演變而來的。