咖啡發霉的原因主要是由於咖啡暴露在空氣中，導致細菌和真菌在咖啡中生長，從而引起變質。具體來說，咖啡發霉長白毛通常是由一種叫做「黃麴黴」(Aspergillus flavus)的真菌引起的，這種黴菌常常在潮濕、溫暖的環境中繁殖，而當咖啡豆遭受過度潮濕的情況下，很容易就被黃麴黴污染。此外，咖啡天然含有油脂，這也為黃麴黴的繁殖提供了良好的營養環境。一旦咖啡受到污染，黃麴黴就會在咖啡豆表面形成白色細長的毛狀物。這種黴菌有可能會產生黴菌毒素，食用有明顯變質跡象的咖啡有可能對人體健康產生危害。
為了防止咖啡發霉，建議在購買咖啡時應選擇新鮮的、沒有發霉跡象的咖啡豆，同時在儲存咖啡時儘可能保持乾燥、通風的環境，避免咖啡長時間接觸潮濕的環境。如果咖啡已經發霉，建議丟棄，因為飲用之後可能會出現中毒反應，如噁心、嘔吐、腹瀉等。