巧克力之所以會苦，是因爲它主要由可可豆製成，而可可豆中含有一種名爲可可鹼的生物鹼，這種物質賦予了巧克力苦味。此外，巧克力中的苦味還來源於可可豆中的多酚類化合物。在巧克力的製作過程中，可可豆經過發酵、晾曬、研磨等步驟製成可可粉，而黃烷醇這種物質是可可粉中的苦味劑。黃烷醇不僅賦予巧克力苦味，它也是一種有益的抗氧化劑。
巧克力的苦味與可可含量有關。一般來說，可可含量越高的黑巧克力，其苦味越重，因爲黑巧克力主要由可可固體物、可可脂和少量糖組成，其可可固形物含量通常在70-99%之間，而乳脂含量少於12%。相比之下，可可含量較低的牛奶巧克力和沒有可可固形物的白巧克力，其苦味就較少。