環境問題產生的原因多樣，主要包括以下幾個方面：
自然因素。如天氣變化（氣溫升高或降低、降雨量增加或減少）、自然災害（地震、火山噴發）等，這些都會導致環境變化。
人爲因素。人類的生產和生活活動是導致環境問題的主要原因，例如工業污染、農業污染、城市擴張導致的自然生態破壞、資源的過度開採等，這些活動排放的污染物會對環境造成直接或間接的危害。
地理條件。例如封閉低窪的地形減緩了污染物的擴散速度，容易產生大氣污染和酸雨；水域條件如緩慢的流速減慢了水體的更新速度，降低了水體的自淨能力，容易引起水體污染。
此外，某些物質由於未被充分利用而大量排放，可能成爲環境污染物，進入環境後可能通過物理或化學反應轉變成危害更大的新污染物，或降解成無害物質。不同污染物同時存在時，可能因拮抗或協同作用改變毒性。