衝馬桶時蓋上馬桶蓋的原因主要有以下幾點：
防止細菌擴散：衝馬桶時，如果不蓋上蓋子，馬桶內的細菌可能會被水流衝擊力帶出，形成飛沫和氣溶膠。這些飛沫和氣溶膠可以攜帶病原體，如大腸桿菌、沙門氏菌、諾如病毒等，通過空氣傳播到衛生間內的各種物品上，如牙刷、毛巾、漱口杯等，甚至可以飄到3米高的天花板上。
減少交叉感染風險：在公共廁所中，如果有人患有傳染性疾病，衝馬桶時不蓋蓋子更容易造成交叉感染。
影響虹吸效應：衝馬桶時不蓋上蓋子會影響虹吸效應，使得污物不容易被抽走，甚至可能殘留在馬桶內。
避免細菌污染：由於馬桶與洗漱、淋浴等共用一室，如果不蓋上馬桶蓋沖水，馬桶內的細菌可能會被氣旋帶到空中，落在牆壁和物品上，包括與皮膚接觸密切的馬桶圈，因此應養成沖水時蓋上馬桶蓋的習慣。
重點清潔馬桶圈：馬桶圈上的細菌較多，需要重點清潔，並定期使用稀釋的家用消毒液擦拭，以減少細菌污染的風險。
綜上所述，衝馬桶時蓋上蓋子是爲了防止細菌擴散、減少交叉感染風險、不影響虹吸效應、避免細菌污染以及重點清潔馬桶圈。