自來水中加氯的主要目的是消毒和殺菌，以確保飲用水的安全。具體來說，氯可以與水中的有機物反應，生成具有強氧化性的次氯酸，從而破壞微生物病菌中的蛋白質合成酶，導致病菌死亡。這種消毒方法成本較低，是一種使用時間較長且成熟的方法。
在使用氯進行自來水殺菌後，水中會產生一定量的餘氯，這個過程會有一箇較長的持續過程，避免細菌在自來水輸送到每個家庭後過快增長。餘氯的存在也有助於持續消毒，保證用水安全。根據國家《生活飲用水衛生標準》規定，自來水出廠水餘氯應在0.3~4毫克/升之間，管線末梢餘氯不得小於0.05毫克/升。
然而，需要注意的是，氯與水中的有機物反應可能會產生一些消毒副產物，如三氯甲烷、氯乙酸等，這些物質具有潛在的致癌性，對人體健康可能造成長期影響。因此，雖然加氯是保證自來水安全的重要措施，但也需要考慮到其可能帶來的健康風險，並採取適當的控制措施。