烏龜腐皮的治療方法有多種，以下提供四種方式：
液體藥物浸泡後幹養。可以用碘酒、雙氧水、紫藥水或聚維酮碘，將烏龜放入稀釋後的藥水中浸泡半個小時，注意藥水不要進入烏龜的眼睛，且浸泡過後將烏龜幹養。一般不嚴重的腐皮，如此操作三四天就能痊癒；而一些輕微的腐皮，只需用藥水擦拭腐皮處後幹養半個小時即可，同樣三四天之後就能痊癒。
藥膏擦拭後幹養。可以用金黴素眼膏、無極膏、達克寧或百多邦等消炎外用藥膏來擦拭烏龜腐皮處，擦藥膏後建議幹養，但要注意幹養時間不能過長，避免烏龜脫水。
泡紅茶水後幹養。把烏龜放入紅茶水中，白天浸泡5~6小時後拿出放入另外一箇消毒清潔過的容器內幹養，次日重新沖泡紅茶水，重複前一日相同操作，一週後腐皮會有好轉或痊癒。注意環境溫度保持在25℃~28℃左右，避免溫差風險。
自愈。對於輕微腐皮，可以通過勤換水、換合格的水質，同時注意給烏龜多曬太陽，一段時間後腐皮就能痊癒。
此外，日常管理中最好使用太陽曬過的水，並注意勤換水，這樣就能很好地避免烏龜生病。如果烏龜腐皮較嚴重或長時間不愈，請及時諮詢專業人士或獸醫進行治療。