無限住人故事主要圍繞著主人公住持大善與忍者百人首的復仇故事展開。主人公住持大善原是一位有著美好未來的青年,但由於家族經營的煤炭公司被人陷害破產,隨後他也被追殺。這時一位傳說中的隱匿忍者百人首出現了,百人首向他承諾如果他加入復仇計畫,便傳授他劍術與暗殺技巧,以驚人的復仇進度將整個組織升級。同時在他的庇護下大善及女鬼安藝還有石岡野眾多傷患度過亂世與死神爭路並持續暗中助陣前來執行賑災食物輸送的任務從而積攢聲望以取回平反的機會。
在無限住人的故事中,主角大善雖然身陷復仇的漩渦,但他仍然保持著自己的道德底線和正義感,不斷地在幫助他人和實現自己的復仇之間掙扎和抉擇。
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