牛奶蛋白含量低的原因主要包括以下幾種：
遺傳因素。不同品種的奶牛其乳蛋白含量有所不同，例如澳大利亞奶牛的乳蛋白含量相對較高，而中國荷斯坦牛的乳蛋白含量較低。
飼養管理。包括但不限於日糧中蛋白質和能量的不足、胺基酸不平衡、粗飼料品質差、乾物質採食量不足、瘤胃功能差、奶牛疾病（如乳腺炎）等，都會影響乳蛋白的含量。
環境因素。如熱應激會導致奶牛採食量下降，進而影響乳蛋白的合成。
飼料質量。精飼料和粗飼料的質量差，如蛋白質含量低、必需胺基酸（如賴氨酸和蛋氨酸）缺乏等，都會導致乳蛋白含量下降。
瘤胃微生物環境。瘤胃pH值過低會影響微生物的活動，從而降低菌體蛋白的合成，導致乳蛋白降低。
綜上所述，牛奶蛋白含量受多種因素影響，包括遺傳、飼養管理、環境條件、飼料質量以及瘤胃微生物環境等。通過改善這些因素，可以有效提高牛奶的乳蛋白含量。