玉米花粉的保存方法有多種，以下是幾種常見的保存方法：
低溫保藏。將剛剛開始散粉的雄穗連帶一段莖稈從玉米植株頂端抽下，將取下的雄穗莖稈置於裝有水的容器中，用保鮮膜捆綁好，放置到冷庫內，避光保存。根據雌穗抽絲時間，提前6至18小時將雄穗從冷庫中取出，放置室溫下，輕輕拍打雄穗，將花葯開裂的花粉收集到容器內。
快速冷凍-真空乾燥-常低溫(-10℃至-20℃)保存。這種方法可以使保存150天的玉米花粉仍有8%的萌發率。
乾燥貯存。將乾燥後的花粉用雙層塑膠袋密封，長期貯存溫度保持在-20℃至-18℃，可最大限度地減少花粉中的蛋白質和維生素的損失，避免霉爛生蟲。
與白砂糖或蜂蜜混合貯存。少量的花粉也可與白砂糖或蜂蜜混合貯存，可達到保存的目的。
冷藏保存。將花粉用保鮮袋密封後放在冰櫃的冷藏室中，能保存一年左右的時間，如果花粉數量過大，可以直接存入冷庫。
常溫保存。花粉在經過簡單的處理後也可以在常溫下保存，乾燥程度要好，用塑膠袋密封後放在乾燥通風的地方，能保存六到十二個月不發生變質。
充氣貯藏法。將乾燥後的花粉裝入不透氣(或夾層)塑膠袋、錫箔紙袋內，然後抽真空充入氮氣或二氧化碳氣，再密封，置於室溫下可達到長期貯存的目的。
選擇合適的保存方法取決於花粉的用途、保存時間以及可用的資源。