珊瑚掉色的原因主要包括環境因素和人類活動的影響，具體如下：
環境因素。珊瑚對氣溫和水溫非常敏感，過高或過低的溫度都會導致珊瑚變得脆弱，容易失去共生藻，發生掉色現象。鹽度的影響也不可忽視，過高或過低的鹽度會影響珊瑚的共生藻，進而導致掉色。此外，光照也是影響珊瑚顏色的重要因素，過強或過弱的光線都會對珊瑚造成傷害。
人類活動。過度捕撈會破壞海洋生態平衡，增加珊瑚的死亡率，導致掉色。海洋污染，如化學品、廢油、洩漏的石油和污水等，都會導致珊瑚掉色。全球氣候變化導致的海洋溫度升高和海水酸化也會影響珊瑚的生存。
除此之外，在家庭水族箱中，珊瑚掉色的原因可能是水中元素種類發生變化，如GeO含量過高，導致珊瑚脫藻甚至死亡。長期暴露在陽光、高溫、化學藥品等環境中，或者接觸汗水、香水等化學物質，都有可能導致珊瑚失去顏色或褪色。珊瑚本身若是品質不佳，如使用低成本的染料和不良的後整理工序生產的珊瑚絨，也可能出現顏色掉落的情況。