珊瑚消失的原因主要包括：
海水溫度上升。珊瑚對水溫極其敏感，適宜珊瑚生長的溫度在16~30°C之間，但全球變暖導致海水溫度上升，珊瑚進入脆弱狀態，容易患上各種疾病甚至死亡。
海水酸化。全球變暖導致海水吸收二氧化碳，使海水中的霰石含量加速減少，珊瑚無法重建其骨架，就會隨着時間的流逝而慢慢解體。
過度捕撈和污染。珊瑚礁是海洋中一箇非常複雜的生態系統，過度捕撈會破壞這個複雜的生態系統，導致珊瑚無法提供足夠的食物和棲息地，最終導致珊瑚的死亡。
全球氣候變暖。全球氣候變暖導致海平面上升，影響珊瑚的正常生長，海平面上升還會導致海底水流變化，影響珊瑚的生存。
珊瑚白化。珊瑚遭受溫度過高、海水污染、過度捕撈等環境劇烈改變時，共生藻或光合色素會流失，珊瑚就會失去共生藻或光合色素而變白，造成所謂的“白化”現象。
此外，珊瑚消失的原因還有珊瑚蟲吐出體內的蟲黃藻，失去這一重要的能量來源，珊瑚蟲只能面對死亡的結局。