琥珀化石的形成過程主要分爲三個階段：
第一階段。樹脂從松柏科植物上分泌出來。這些樹脂在滴落過程中可能會直接落在地上或附着在樹幹上，在這個過程中，樹脂有時會包裹和沾染上昆蟲、樹葉或者泥沙等物質，形成一箇小型的松脂聚合體。
第二階段。這些樹脂隨着長期地殼運動被深埋在地下。在壓力和熱力的作用下，樹脂的成分、結構和特徵都發生了明顯的變化。這個過程可能導致樹脂變成柯巴樹脂，也可以視爲琥珀的半成品。
第三階段。經過漫長的地質時期，樹脂失去揮發成分並聚合、固化形成有機化石，也就是琥珀。在這個階段，石化樹脂被沖刷、搬運、沉積和發生成岩作用，從而形成了琥珀。
琥珀的形成需要特定條件，包括適合的埋藏時間（超過2500萬年）和穩定的地質環境。此外，琥珀的形狀多種多樣，表面及內部常保留着當初樹脂流動時產生的紋路，內部經常可見氣泡及古老昆蟲、動物或植物碎屑。