選擇瑤柱時，應考慮以下幾個方面：
大小。瑤柱通常按直徑大小分類，大的瑤柱更貴，大小可以相差五六倍。選擇時，應找顆粒完整、飽滿且大小均勻的瑤柱。
顏色。新鮮的瑤柱表面呈金黃色，斷面也是金黃或略帶棕色。如果表面有薄薄的白粉狀物質，說明瑤柱風乾時間較長，更適合用來煲湯或做粥。
味道和香氣。優質的瑤柱應有清新的海鮮味和海洋的香氣，而沒有腥味或其他異味。
乾燥程度。瑤柱應該手感乾燥，選擇乾爽的瑤柱而非重且濕潤的，因為後者可能含有較多水分。
保存方式。購買後應將瑤柱放在密封性好的容器或保鮮袋中，不含防腐劑的瑤柱需要放入冰櫃冷凍保存。