瑪瑙和水晶的主要成分都是二氧化硅，但它們在性質、透明度、顏色、紋路、硬度、密度等方面存在一些區別：
性質。水晶通常是單晶體，而瑪瑙是多晶結合體。
透明度。水晶透明度高，而瑪瑙則以半透明或不透明爲主。
顏色。水晶顏色多樣，包括透明、白色、粉色、紫色、黃色、綠色等，而瑪瑙顏色相對單一，主要有紅色、藍色、綠色、黃色、棕色等。
紋路。水晶常見直條狀、點狀、氣泡狀、雲霧狀等紋路，而瑪瑙則具有色帶狀、條帶狀、星座狀、線狀、點狀等紋路。
硬度和密度。瑪瑙的硬度和密度略高於水晶。
產地。水晶產自世界各地，而瑪瑙主要產自印度、巴西、美國、澳大利亞、中東等地。
功效。水晶以其通透美麗、能量強大、防輻射等特性而受到追捧，不同類型的水晶各自具有不同的功效，如紫水晶可以緩解焦慮，黑水晶可以辟邪等。而瑪瑙則被認爲能夠帶來幸運、平衡情緒、保護人身周圍的涵義，可以調節氣血、胃腸、心臟等功能，增強個人的健康氣場。
需要注意的是，雖然瑪瑙和水晶在本質和用途上存在差異，但由於它們在外觀上有些相似，有些商家會將二者混淆或誤標，因此在選購中需謹慎辨別。