生物除臭塔的工作原理主要依賴於生物膜技術，通過在特定的生物載體上培植微生物，利用這些微生物的代謝作用來分解和轉化惡臭氣體中的有機物，最終轉化為無害物質。
生物除臭塔的工作流程通常包括廢氣的預處理，比如去除顆粒物和調整溫度濕度，然後通過氣體分布器進入塔內。在塔內，廢氣中的惡臭物質與生物膜接觸，被微生物吸附並分解。這個過程包括惡臭氣體的溶解、吸附以及生物降解。微生物通過新陳代謝將惡臭成分轉化為二氧化碳、水和其他簡單的無機物，從而實現除臭效果。生物除臭塔具有投資成本低、能耗低、運行成本低、操作簡便、處理徹底、無二次污染等優點，適用於處理多種有機廢氣及惡臭廢氣。