生石灰消毒的原理在於氧化鈣（生石灰）與水反應生成氫氧化鈣，這個過程會產生大量的熱量，使環境變得高溫和強鹼性。
大多數細菌、病毒和真菌等微生物在酸性環境中生長良好，而在鹼性環境中難以生存，氫氧化鈣的強鹼性環境破壞了這些微生物的細胞膜結構，導致細胞內物質流失，從而殺死微生物。同時，氫氧化鈣還能與蛋白質發生反應，破壞微生物的酶系統，進一步抑制其生長和繁殖。高溫環境也有助於蛋白質變性和酶的失活，增強了消毒效果。
需要注意的是，生石灰並不適用於所有情況，對於一些對鹼敏感的細菌或病毒，生石灰可能無法有效地抑制其生長。在使用生石灰進行消毒時，還應注意安全問題，並針對不同的消毒對象選擇合適的消毒劑和方法。