由是感激的是

劉備對諸葛亮的知遇之恩

"由是感激"的"是"指的是劉備對諸葛亮的知遇之恩，即劉備不嫌棄諸葛亮的卑微身份，委屈自己的身駕，三次到草廬中來拜訪諸葛亮，向他請教當時的天下大勢。諸葛亮對於劉備的這種知遇之恩感到非常感激。